Der Sportunterricht am Mercator-Gymnasium Duisburg wird in voller Stundenzahl von derzeit acht Kolleginnen und Kollegen unterrichtet. In der Sekundarstufe I orientiert sich der Sportunterricht an den Inhalten des schulinternen Lehrplans, welcher regelmäßig überarbeitet wird. Der Sportunterricht in der Sekundarstufe II findet in der Qualifikationsphase 1 und 2 in so genannten Profilkursen statt. Die Schülerinnen und Schüler wählen aus verschiedenen Angeboten am Ende der Einführungsphase ein bestimmtes Profil und besuchen diesen Kurs dann während der gesamten Qualifikationsphase.

Im Bereich der Leistungskurse Sport kooperiert das MG mit vier innerstädtischen Duisburger Schulen (Gesamtschule Duisburg-Mitte, Max-Planck-Gymnasium, Gesamtschule Meiderich und dem Landfermann-Gymnasium). Das bedeutet, dass der Theorieunterricht am MG, die Praxiseinheiten jedoch in der kälteren Jahreszeit in den Hallen der jeweiligen kooperierenden Schulen (beide Gesamtschulen verfügen über Dreifachturnhallen) stattfindet. Der für das Abitur notwendige leichtathletische Unterricht findet auf der Bezirkssportanlage (Du-Wedau, Kalkweg) statt. Diese bietet alle Voraussetzungen, um die Abituranforderungen zu erfüllen und ist für die Schüler/innen problemlos mit öffentlichen Verkehrsmitteln zu erreichen. Auf dieser Anlage finden auch die Sportfeste des MG statt, die in regelmäßigen Abständen anberaumt werden.

Der „normale“ Unterricht findet größtenteils in den zwei schuleigenen Sporthallen statt. Für die Klassen und Kurse steht außerdem ein kleiner Außenplatz direkt neben der Schule zur Verfügung, auf dem Basketball gespielt und kleinere Leichtathletikeinheiten durchgeführt werden können. Bei schönem Wetter kann zudem in den nahe gelegenen, fußläufig zu erreichenden Böninger Park ausgewichen werden. Hier ist es möglich,  „Kleine Spiele“ oder/und Ausdauertraining im Bereich der Mittelstrecke zu absolvieren. Für den Schwimmunterricht stehen ein Schwimmbad mit Nichtschwimmerbereich (Neuenkamp) und das Schwimmstadion zur Verfügung.

Seit dem Schuljahr 2015/16 hat das Mercator-Gymnasium eine Sportprofilklasse eingerichtet, in der z.Zt. 24 Schüler mit zwei Stunden  zusätzlich unterrichtet werden. Sie erhalten ein Zusatzangebot im Bereich Spiel und Sport in vielerlei Bewegungsformen der Sportspiele, Gymnastik/Tanz, Turnen, Schwimmen, Leichtathletik u.a..

Sehr attraktiv sind für viel Schülerinnen und Schüler (und manchmal auch Lehrer) das Üben und die Teilnahme am Duisburger Drachenbootfest. Die Fachschaft Sport arbeitet hier eng mit der Wanheimer Kanugilde zusammen, die Übungszeiten und -boote kostenlos zur Verfügung stellt. In den letzten Jahren haben an den Wettkämpfen jeweils drei bis vier Mannschaften erfolgreich an den Stadtmeisterschaften der Duisburger Schulen teilgenommen.

Die Fachschaft Sport bildet alle zwei Jahre eine Anzahl von ca. 30 Schüler/innen ab der Jahrgangsstufe 8 zu Sporthelfern aus, die die Fachschaft bei Sportveranstaltungen (Sportfest, jährlich stattfindende Spielewoche für die S I, Profiltag, Tag der offenen Tür) unterstützen bzw. eigene Turniere organisieren.

Einige von ihnen bereichern das Sporttreiben an der Schule durch das Angebot einer eigenen allgemeinen Sport AG z.B. Spiel und Sport in der Mittagspause, Volleyball, Tanzen oder Fußball. Darüber hinaus bietet die Fachschaft eine Tischtennis-AG für Schülerinnen und Schüler an, die v.a. von den Jüngeren gern besucht wird.